Elena Prokopová ako pediatrička v ambulancii pracuje od roku 2005, predtým sa starala o najmenších na Neonatologickej klinike v Nemocnici sv. Cyrila a Metoda v Bratislave.
Je spoluzakladateľka reformy všeobecnej ambulantnej starostlivosti. Operatívne rieši problémy pediatrie v rámci celého Slovenska, kolabujúcu ambulantnú pohotovostnú službu či rezidentský program. V čase pandémie ochorenia Covid-19 bola členkou konzília odborníkov.
Je odbornou garantkou a hlavnou organizátorkou kongresu Dni primárnej pediatrie. Od roku 2017 je hlavnou odborníčkou MZ SR pre primárnu pediatriu.
