Už štvrté desaťročie funguje a rastie Eset, najväčšia IT firma v slovenskom vlastníctve. Trnka je spoluzakladateľom a spolumajiteľom s najvyšším podielom (22,75 percenta), v rebríčku je tak zo šestice „eseťákov“ prvý.
V roku 2022 sa Eset vyrovnával s odchodom z dovtedy dôležitého ruského trhu. Vďaka rastu na európskom trhu a firemnému segmentu, pre ktorý Eset vytvoril samostatnú divíziu, sa firme podarilo celkovo dosiahnuť mierny rast tržieb na 589 miliónov eur, tradične vysoký zisk len mierne klesol na 70 miliónov eur.
Majetok spoločníkov Esetu pochádza v drvivej väčšine z firmy, jednak z trhovej hodnoty spoločnosti, ktorej ocenenie je vďaka moderným produktom a podnikaniu na globálnom trhu výrazne vyššie ako v tradičných sektoroch. Významným zdrojom je však aj spomínaný čistý zisk – ten Eset od roku 2009 pravidelne generuje každý rok v rozmedzí od 50 do 75 miliónov eur, z čoho si majitelia vyplácajú významnú časť v podobe dividend.
Pred vyše desaťročím, keď odišiel z pozície generálneho riaditeľa, začal Trnka podnikať aj v realitách: v rodnej Trnave zrekonštruoval niekoľko budov v historickom centre. V Bratislave obnovil budovu študentského centra Binarium v Mlynskej doline, pod Slavínom sa stal majiteľom Rotundy. Na jadranskom pobreží v Chorvátsku si pred rokmi kúpil veľké sídlo, keďže jeho záľubou je (okrem zbierania zosilňovačov) aj jachtárstvo.
Rodinnú firmu Trnka Gastronomy s podnikmi v Trnave a v Bratislave vlastní syn Michal Trnka. V Trnka Investments si otec drží väčšinu, Michal aj Trnkova dcéra Petra sú s ním konateľmi. Z investícií do startupov vyčnieva Photoneo s 3D robotikou, etických hekerov z firiem Citadelo a Nethemba zas Trnka podporil v HackTrophy.
Jeho najvýraznejším projektom mimo realít je od roku 2014 nadácia Zastavme korupciu. V posledných rokoch ju podporoval ročne sumou približne štvrť milióna eur, v roku 2022 to bolo vyše 330-tisíc. Dlhodobo tiež pôsobí v Nadácii Eset. Rovnako ako ostatní spolumajitelia Esetu, aj Trnka podporil pred rokmi štart Denníka N. Prispel aj na kampaň neskoršieho bratislavského primátora Matúša Valla.
